انتقد رئيس هيئة النزاهة بالوكالة موسى فرج تشريع قانون أصول المحاكم العسكرية، وعده عائقا أمام كشف ملفات الفساد في وزارة الدفاع التي قال إنها تأتي في المرتبة الأولى بين الوزارات العراقية من حيث نسبة الفساد الإداري والمالي فيها. وأعلن فرج أن الوزارات العراقية تعرضت الى حالات فساد كثيرة وأن وزارة الدفاع تحتل المرتبة الأولى في الفساد المالي والإداري من حيث ضخامة المبالغ والملفات. وأضاف فرج أن المبالغ المدفوعة لتسليح الجيش العراقي بلغت أكثر من 19 مليار دولار من موازنات الدولة العراقية في السنوات الثلاث الفائتة .
وذكر موسى فرج أن الهيئة تتابع ملفات الفساد التي لها صلة بالجانب الأميركي والتي وصفها بالضخمة ومنها صندوق التنمية العراقي والإعمار المنجز من السفارة الأميركية والنفط مقابل الغذاء، فضلا عن ملفات تتعلق بأموال النظام السابق.